Elimina partículas y desechos a través de tamices mecánicos y evita el bloqueo de los medios filtrantes más finos. La filtración mecánica no altera la química del agua, su finalidad es simplemente atrapar y eliminar residuos y desechos del agua del acuario para hacerla parecer más limpia y clara.

Los tipos de medios de filtración mecánicos incluyen: foamex, almohadillas de perlon y pre-filtros (anillos de cerámica).